Le syndicat est administré par un comité syndical composé de l’ensemble des délégués représentant les membres du syndicat.

La répartition du nombre de délégués par membre est la suivante:

- la Communauté d’Agglomération du Libournais : 5 délégués et 5 suppléants,

- la Communauté de Communes du Grand Saint-Émilionnais : 5 délégués et 5 suppléants.

Les délégués sont désignés par les organes délibérants des collectivités respectives.